Ruotsissa uskonpuhdistus pantiin alulle Kustaa Vaasan (1496-1560) aikana, mutta vakiintuneen aseman se sai vasta Uppsalan kirkolliskokouksessa 1593. Luterilaisia jumalanpalveluksia pidettiin Turun hiippakunnan kirkoissa 1520-luvulta alkaen, ja luterilaisuus kuvastuu monissa käsikirjoituksissa, kuten Westhin koodeksissa (1546), johon sisältyy suomenkielinen messuteksti sekä sekvenssejä, responsorioita, hymnejä ja antifoneja suomeksi ja ruotsiksi.
Vuonna 1549 Mikael Agricola (n. 1510–57) julkaisi ensimmäisen suomenkielisen painetun messun (Messu eli Herran Echtolinen) ja 1583 Jacobus Petri Finno (n. 1540–88) ensimmäisen suomenkielisen virsikirjan. Myöhempien virsikirjojen ilmestymisvuodet ovat 1605, 1701, 1886, 1938 ja 1986. Vuoden 1605 virsikirjan tekijä oli Maskun kirkkoherra Hemminki Maskulainen (n. 1550–1619). Vuoden 1701 Uusi suomenkielinen wirsi-kirja sai myöhemmin suuren suosionsa takia lempinimen “Vanha virsikirja”, ja 1702 sen täydennykseksi julkaistiin Yxi tarpelinen nuotti-kirja, koraalisävelmien kokoelma, jonka mallina oli ollut vuoden 1697 Then swenska psalmboken eli ns. ”Koralpsalmboken”.
Ennen näitä painotuotteita monissa kirkoissa käytettiin käsinkirjoitettuja koraalikirjoja, kuten Kangasalan koraalikirjaa (1624), ja 1700- ja 1800-luvulla kanttorien oli turvauduttava jälleen käsinkirjoitettuihin koraalikirjoihin, sillä vuoden 1702 koraalikirjan painos oli loppunut ja sen korvasi vasta Antti Nordlundin (1807–80) toimittama Suomalaisten wirtten koralikirja vuonna 1850. O.I. Collianderin (1848–1924) ja Richard Faltinin (1835–1918) toimittama Uusi koraalikirja (1888) sisälsi sävelmät vuoden 1886 virsikirjaan, ja 1900-luvun virsikirjat saivat koraalikokoelmansa vuosina 1944 (mm. Armas Maasalo) ja 1987 (mm. Kaj-Erik Gustafsson).
Urkuja ostettiin tai rakennettiin Suomen kirkkoihin 1600-luvulta alkaen. Noin 40 ennen vuotta 1700 rakennettua urkua tunnetaan, mutta useimmat varhaisista uruista tuhoutuivat varsinkin Suuren Pohjan Sodan aikana 1700-luvun alussa; ainoa säilynyt on ns. Nauvon positiivi (n. 1664), joka on nykyään Kansallismuseossa. Vasta 1800-luvulla urut levisivät koko maahan. 1600- ja 1700-luvun soittimet olivat pohjoissaksalaisten barokkiurkujen tyyppiä, ja niiden rakentajista tunnetuimpia on ruotsalainen Johan Niclas Cahman (n. 1675–1737), joka rakensi 32-äänikertaisen soittimen Turun tuomiokirkkoon vuosina 1725-27. Useimmissa uruissa oli kuitenkin yksi sormio ja 8-10 äänikertaa.
Hovimusiikkia viljeltiin vain Ruotsin kuninkaitten ja heidän korkea-arvoisten edustajiensa seurueissa. Kustaa Vaasa antoi toiselle pojalleen Juhanalle läänitykseksi Suomen herttuakunnan, ja Juhana asettui Turun linnaan 1556. Hänen seurueeseensa kuului ainakin ajoittain muusikkoja (‘Bertil luthenslagere’, ‘Mats fedlare’). Juhanan Turun-residenssin viimeiseltä vuodelta 1563 on mainintoja useammasta trumpetistista, ja sen jälkeen kun hänen velipuolensa Erik oli vangituttanut hänet, suuri määrä soittimia ja joitakin nuottikirjoja lähetettiin Turusta Tukholmaan.
Ammattimuusikoita oli Suomessa varmuudella vasta 1600-luvulta alkaen, kun urkuja oli alettu rakentaa. Kirkot eivät kyenneet työllistämään urkureita kylliksi eivätkä palkkaamaan heitä yksin; sen tähden kaupungin raati yleensä maksoi osan heidän palkastaan ja takasi heille yksinoikeuden muusikon ammatin harjoittamiseen kaupungissa ja sen ympäristössä. Turussa urkurin tehtäviin kuului myös musiikin johtaminen vuonna 1640 perustetussa yliopistossa.