Kristillinen vaikutus alkoi tunkeutua Itämeren pohjoispuolisiin maakuntiin viikinkiajan lopulla ennen vuotta 1000. 1100-luvun jälkimmäisellä puoliskolla näistä alueista tuli Rooman kirkon lähetysalue, kun Eerik Pyhä ja hänen seuraajansa Ruotsin valtaistuimella alkoivat käännyttää pakanallisia suomalaisia kristinuskoon. Ensimmäisen ristiretken uskotaan tapahtuneen vuonna 1155 tai 1157 ja sen aikana Uppsalan englantilaissyntyinen piispa Henrik kärsi marttyyrikuoleman. Näistä ajoista alkaen nykyisen Suomen lounais- ja eteläosat vähitellen liitettiin Ruotsin valtakuntaan. Kirkkoja rakennettiin, kirkollinen elämä sai järjestyneet muotonsa ja latinankielinen kirkkolaulu vakiinnutti asemansa. Roomalaiskatolinen usko levittäytyi kohden Karjalaa, jonka väestö oli Novgorodin vallan alla ja tunnusti ortodoksista uskoa. Ensimmäinen raja Ruotsin ja sen itäisen naapurin välillä vahvistettiin Pähkinäsaaren rauhassa vuonna 1323.
Latinalaisen laulun keskuksia Suomessa olivat Turun tuomiokirkko, muiden keskiaikaisten kaupunkien (Rauma, Ulvila, Naantali, Porvoo ja Viipuri) kirkot, Turun ja Viipurin dominikaani- ja fransiskaaniluostarit sekä koulut, joista tärkein oli 1200-luvun jälkimmäisellä puoliskolla perustettu Turun katedraalikoulu. Dominikaaneilla oli suuri vaikutus hengelliseen elämään, ja heidän liturgiansa vahvistettiin Turun hiippakunnan viralliseksi liturgiaksi 1330.
Noin 6 300 pergamenttilehteä latinankielistä kirkkolaulua on säilynyt Suomen keskiaikaisista kirkoista ja luostareista. Ne irrotettiin liturgisista kirjoista uskonpuhdistuksen aikana ja käytettiin tilikirjojen sidontaan. Nykyään tätä Fragmenta membranea -kokoelmaa säilytetään Helsingin yliopiston kirjastossa. Vanhimmat pergamenttilehdet ovat peräisin ajalta ennen 1300-lukua ja sisältävät ranskalais- ja saksalaistyyppisiä ei-diastemaattisia neumeja. Ne ovat peräsin enimmäkseen Maastrichtin ja Utrechtin seuduilta nykyisten Alankomaitten alueelta. Myöhemmin kirjoitetuilla lehdillä on käytetty neliönuottikirjoitusta.
Suurin osa aineistosta oli Suomeen tuotaessa todennäköisesti jo antikvaarista Keski-Euroopassa. Liturgisia kirjoja kopioitiin myös Suomen luostareissa, ja alkuperäistä tekstiä ja musiikkia laadittiin paikallisten pyhimysten, varsinkin Suomen hiippakunnan ja Turun tuomiokirkon suojeluspyhimyksen Pyhän Henrikin muistoksi. Katolisen ajan lopulla painettiin kaksi liturgista kirjaa: Missale Aboense (Lübeck, 1488) ja Manuale Aboense (Halberstadt, 1522). Molemmilla on tyhjiä nuottiviivastoja, joille pappien oli määrä käsin kirjoittaa sävelmiä. Varsinkin Missale Aboense heijastaa dominikaanien vahvaa vaikutusta Suomen kirkolliseen elämään.
Turun katedraalikoulussa ja kouluissa kaikkialla Ruotsissa viljeltiin keskiajalla cantio-ohjelmistoa, yksiäänisiä lauluja hengellisiin, ei kuitenkaan liturgisiin teksteihin. 74 tällaista laulua julkaisi suomalainen ylioppilas Theodoricus Petri Rutha nimellä Piae cantiones ecclesiasticae et scholasticae veterum episcoporum (Greifswald, 1582). Niiden joukossa on muutamia lauluja, kuten esimerkiksi Ramus virens olivarum, jotka viittaavat paikalliseen alkuperään, ja myös 12 kaksi-, kolme- tai neliäänistä laulua. Cantiot olivat ilmeisen suosittuja pitkän aikaa. Maskun Hemminki julkaisi niiden tekstien suomennoksen 1616, ja uusi latinankielinen painos, johon sisältyi Rostockin Mariankirkon kanttorin Daniel Fridericin tekemiä uusia sovituksia moniäänisistä lauluista, ilmestyi 1625. Lauluja julkaistiin vielä 1700-luvulla ja myöhemminkin, ja muutamat niistä päätyivät virallisiin luterilaisiin virsikirjoihin.
Maallisesta musiikista keskiajan Suomessa tiedetään vähän. Maaseudulla laulettiin edelleen runoja ja soitettiin kanteletta ja muita perinnesoittimia. Kaupungeissa harjoitettiin maallista musiikkia, kuten muissakin pienissä kaupungeissa Itämeren alueella, mutta ainoita todistuskappaleita siitä ovat muusikkonimet (‘Michil pipare’, ‘Nis lekare’), joita tavataan 1400-luvun dokumenteissa Turun alueelta. On todennäköistä, että kiertävät soittajat, leikarit ja piiparit, esiintyivät majataloissa, kapakoissa ja markkinoilla ja tarjosivat palveluksiaan häissä, ristiäisissä ja muissa juhlissa.